Hội thảo đón nhận 91 bản báo cáo khoa học của các nhà nghiên cứu trong nước và quốc tế, được chia làm ba tiểu ban:

            -Tiểu ban Chúa Nguyễn

            – Tiểu ban Vương triều Nguyễn

            – Tiểu ban Văn hoá và di sản

            Thông qua các bản báo cáo khoa học của các tác giả và quá trình thảo luận tại hội trường, hội thảo đã đi đến một số nhận định có tính cơ bản sau:

            – Thanh Hoá là nơi phát tích nhiều dòng họ vua – chúa, trong đó có dòng họ Nguyễn ở Gia Miêu, nay là xã Hà Long, huyện Hà Trung đã mở ra một trang sử mới cho dân tộc là mở mang lãnh thổ vùng đất Nam Trung bộ và Nam bộ ngày nay; bước đầu khai phá và xây dựng chủ quyền ở vùng đất mới, kể cả các quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa¦

            – Dưới thời chúa Nguyễn ở Đàng Trong có nền kinh tế nông nghiệp, thương nghiệp phát triển, đô thị ra đời trở thành các thương cảng quan trọng ở Đông Nam Á như Hội An, Thanh Hà, Nước Mặn, Hà Tiên¦là do chính sách mở cửa và chính sách khai thác các nguồn lực lao động và tài chính, trong đó có người Hoa, người Nhật.

            – Cuộc chiến giữa Tây Sơn và chúa Nguyễn ban đầu chiến thắng thuộc về Tây Sơn vì Phong trào Tây Sơn được nhân dân ủng hộ (1771-1785). Nhưng sau đó Nguyễn Ánh lại đánh bại Tây Sơn, vì vương triều Tây Sơn trong quá trình phong kiến hoá bị phân hoá, chia rẻ, mất lòng dân. Trái lại, Nguyễn Ánh khéo thu phục lòng dân lại được viện binh của phương Tây do Bá Đa Lộc vận động tham gia (1788-1802).

            – Vấn đề thống nhất đất nước là một quá trình lịch sử và công lao của cả dân tộc nên không thể quy công cho một người hoặc ở một thời điểm nào trong giai đoạn này. Nguyễn Huệ và phong trào Tây Sơn có công lớn là tiêu diệt các tập đoàn thống trị ở trong nước, xoá bỏ Đàng Trong- Đàng Ngoài (1786). Đó là thành tựu quan trọng nhất về thống nhất lãnh thổ. Nhưng Tây Sơn vẫn còn phân quyền với nhiều vùng kiểm soát khác nhau, có nhiều niên hiệu và kinh đô khác nhau (Thái Đức với thành Hoàng Đế ở Quy Nhơn, Quang Trung với kinh thành Phú Xuân ở Huế) nên đến năm 1802, sau khi lên ngôi, Gia Long đem quân ra Bắc tiêu diệt vương triều Tây Sơn, công cuộc thống nhất đất nước mới trọn vẹn với một niên hiệu duy nhất là Gia Long và kinh đô duy nhất đóng tại Huế. Huế là kinh đô thống nhất của nước Việt Nam.

            – Triều Nguyễn xây dựng kinh đô Huế với một chế độ quân chủ tập quyền mạnh cùng một hệ thống chính trị và luật pháp hoàn thiện nhất trong lịch sử chế độ phong kiến ở nước ta. Bộ máy nhà nước này có khả năng kiểm soát được lãnh thổ và dân cư, đàn áp các cuộc khởi nghĩa trên cả nước và mở rộng xâm chiếm các nước lân bang. Nhưng đó lại dẫn đến một sai lầm về chính sách đối ngoại của triều Nguyễn mà đúng ra là phải liên minh với Ai Lao và Cao Miên để tạo thành sức mạnh trước sự đe doạ của các thế lực phương Tây và các nước khác trong khu vực.

            – Dù không kiểm soát nạn vỡ đê và giải pháp trị thuỷ thiếu hiệu quả ở miền Bắc. Nhưng triều Nguyễn đã để lại nhiều công trình đào sông, đào kênh ở miền Trung và miền Nam cùng các thành tựu khai hoang có quy mô lớn cấp huyện qua chính sách dinh điền ở miền Bắc và miền Nam, đặc biệt là vai trò của Nguyễn Công Trứ và Nguyễn Tri Phương đã để lại cho hậu thế một di sản lịch sử quan trọng.

            – Hội thảo ghi nhận triều Minh Mạng đã có một tầm nhìn chiến lược về biển, đã mở cửa biển Đà Nẵng để giao tiếp các nước phương Tây và chủ động mua tàu, đóng tàu để giao thương với các nước Đông Nam Á, Trung Quốc và sang tận châu Âu. Do đó, nhận định triều Nguyễn  bế quan toả cảng đã lỗi thời, không còn thuyết phục.

            – Vấn đề thất bại của triều Nguyễn trước quân Pháp có nhiều lý do khách quan và chủ quan của lịch sử đặt ra cho triều Nguyễn vào thế kỷ XIX. Nhưng sự thất bại này nhà Nguyễn mà đứng đầu là vua Tự Đức phải chịu trách nhiệm trước lịch sử (ý kiến của đ/c Nguyễn Di Niên, nguyên Bộ trưởng Bộ Ngoại giao). Ý kiến này được hội nghị tán thành và GS.Phan Huy Lê đã đưa vào tổng kết hội thảo. Qua ý kiến trên, hội nghị cho rằng không nên trói mình vào phạm trù triết học tất yếu hay không tất yếu về thất bại của triều Nguyễn trong cuộc chống Pháp vào thế kỷ XIX mà cần xem xét cụ thể các sự kiện lịch sử. Vì quân Pháp đã từng thất bại tại Đà Nẵng hai lần vào năm 1858-1859, đã thay đổi chiến pháp và tướng lĩnh, phải mất 26 năm mới xâm lược được nước ta. Trong khi đó nhà Minh chỉ mất 6 tháng đã đánh bại nhà Hồ và cuộc kháng chiến chống Mỹ cũng chỉ mất 21 năm đã giánh được thắng lợi hoàn toàn. Như vậy, quân Pháp không đủ mạnh tuyệt đối, trở thành một lý do khách quan để đưa đến thất bại của triều đình nhà Nguyễn như là tất yếu của lịch sử.

            – Vấn đề canh tân đất nước đặt ra thành một yêu cầu của lịch sử vào thế kỷ XIX, nhưng triều Nguyễn đã không có chính sách nhất quán và giải pháp cụ thể, lại bị thế lực bảo thủ trong triều đình cản trở, không quan tâm đến các bản điều trần của các nhà canh tân như Nguyễn Trường Tộ, Nguyễn Lộ Trạch¦ nên công cuộc canh tân đất nước đã bị thất bại làm cho thế nước suy yếu. Đây cũng là một trong những nguyên nhân đưa đến sự mất nước trước sự xâm lược của thực dân Pháp.

            – Triều Nguyễn đã để lại cho hậu thế nhiều di sản lịch sử quan trọng như sự hoàn chỉnh về lãnh thổ cho đến hiện nay cùng các giải pháp về trị nước, di sản về khai hoang, thuỷ lợi. Những thành tựu về văn hoá vật chất ở cố đô Huế và trên khắp đất nước ta, những thành tựu về văn hoá chữ viết, thành tựu văn hoá phi vật thể. Trong đó có 3 di sản được UNESCO công nhận là di sản văn hoá nhân loại là Quần thể di tích cố đô Huế (1993), phố cổ Hội An (1999), Nhã nhạc cung đình Huế (2003). Một triều đại để lại 3 di sản mang tính nổi bật toàn cầu là rất hiếm có đối với nhiều nước trên thế giới hiện nay. Đây được xem như là thành tựu của sức lao động của cả dân tộc cần được bảo tồn và phát huy giá trị.

Thời Nguyễn cũng sản sinh ra nhiều nhân vật lịch sử tài năng trên nhiều lãnh vực đã góp phần bảo vệ đất nước và thúc đẩy sự phát triển của lịch sử dân tộc cần được trân trọng.

            Phát biểu với hội thảo, đồng chí Lê Khả Phiêu, nguyên Tổng Bí thư Ban chấp hành Trung ương Đảng cho rằng: Hội thảo làm rõ hơn lịch sử về một triều đại, trả lại sự công bằng, khách quan trong việc nhìn nhận, đánh giá về triều Nguyễn không những tạo được một bước tiến mới trong học thuật mà còn phù hợp với sự mong đợi của nhân dân hiện nay.